Published at 2020-06-24 17:15
Author：zhixy
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RAxML也用CAT模型来描述在不同位点上的替代速率异质性，但PhyloBayes的CAT不同于RAxML的CAT。因为，PhyloBayes的CAT考虑了同一状态（碱基/氨基酸）在不同对齐位点上可以有不同的概率变化为其它状态（碱基/氨基酸）。举例来说，在某一位置上的精氨酸有很高的概率可以变为组氨酸，而在另一个位置上却有很高的概率变为赖氨酸。
因此，PhyloBayes的CAT模型实际上是考虑了在不同位点上的组分异质性的，而RAxML的CAT模型并没有，仍然是均质性的模型。
PhyloBayes实现基于CAT模型的MCMC(Markov Chain Monte Carlo，马尔科夫链蒙特卡洛方法)算法，计算时间非常高。因此其作者多年后推出了MPI并行版本。但即使是并行版本，对于大体量数据， 如：源自基因组的多基因数据集合，也相当耗时。建议在运行该软件前，进行Taxon Sampling，在保证物种多样性的前提下，尽可能的缩小数据量。
PhyloBayes的官网（www.phylobayes.org）现不能访问。但在Github上可下载源码（git clone）。
进入sources目录执行make编译(系统需要有支持MPI的环境mpicc)后，在data目录中会生成PhyloBayes MPI的可执行程序，包括：
可将以上程序拷贝至可执行程序目录(如/usr/local/bin)，方便调用。
MPI版本的程序，需要在MPI环境下执行，形式上即通过mpirun来运行相应程序，如：
(base) [user@server ~]＄ mpirun -np 10 pb_mpi
mpirun -np <np> pb_mpi -d <datafile> [options] <chainname>
creates a new chain, sampling from the posterior distribution, conditional on specified data
mpirun -np <np> pb_mpi <chainname>
starts an already existing chain
mpirun -np <np> : number of parallel processes (should be at least 2)
-cat -dp : infinite mixture (Dirichlet process) of equilibirium frequency profiles
-ncat <ncat> : finite mixture of equilibirium frequency profiles
-catfix <pr> : specifying a fixed pre-defined mixture of profiles
-lg : Le and Gascuel 2008
-wag : Whelan and Goldman 2001
-jtt : Jones, Taylor, Thornton 1992
-gtr : general time reversible
-poisson : Poisson matrix, all relative exchangeabilities equal to 1 (Felsenstein 1981)
-dgam <ncat> : discrete gamma. ncat = number of categories (4 by default, 1 = uniform rates model)
-dc : excludes constant columns
-t <treefile> : starts from specified tree
-T <treefile> : chain run under fixed, specified tree
-x <every> <until> : saving frequency, and chain length (until = -1 : forever)
-f : forcing checks
-s/-S : -s : save all / -S : save only the trees
see manual for details
--------------------------------------------------------------------------
Primary job terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to be terminated. The first process to do so was:
Process name: [[62923,1],3]
Exit code: 1
--------------------------------------------------------------------------
mpirun的主要参数
-np设定了运行程序时调用的cpu数量。
在以上显示信息中，可以看到pb_mpi有两个必要参数：
-d指定序列比对文件（phylip格式）此外，关于模型的参数都是可选的[options]。下面通过软件包例的示例序列文件brpo.ali(为节省时间，仅保留了前10条序列)来演示bayes树的构建。
(base) [user@server ~]＄ mpirun -np 10 pb_mpi -d brpo.ali run1 & #调用10 cpus，运行mcmc方法，命名为run1，并至于后台
(base) [user@server ~]＄ mpirun -np 10 pb_mpi -d brpo.ali run2 & #调用10 cpus，运行mcmc方法，命名为run2，并至于后台
启动两个mcmc链，程序会一致运行下去。终止程序可通过单线程版PhyloBayes中的stoppb程序来终止，或将后台运行的程序移至（ctl f）前台后ctl c终止。
什么时候可以终止mcmc链的运行？，这是贝叶斯方法构建进化树的一个关键问题。
mcmc方法的本质是，从一个参数的先验分布开始，通过评价对观测数据（在系统发育分析中，即比对序列）的拟合，将先验分布逐渐调整为对观测数据拟合程度的最高的后验分布。
因此，当后验分布不能再更好的拟合观测数据时，也就是mcmc链已经收敛（Convergence）。PhyloBayes MPI检验收敛的方法是通过bpcomp程序完成的。
(base) [user@server ~]＄ bpcomp -x 100 10 run1 run2
run1.treelist : 3071 trees
run2.treelist : 3055 trees
maxdiff : 0.0462656
meandiff : 0.00696971
bipartition list in : bpcomp.bplist
consensus in : bpcomp.con.tre
-x 100 10: 去除前100个数据点（burn-in），此后每10个点采集一次数据。该参数的设定可根据mcmc链的长度来调整。
其中的关键指标maxdiff:
如上例所示，两个mcmc链收敛，可终止；bpcomp产生的结果bpcomp.con.tre，即我们所需要的贝叶斯一致树。
在pd_mpi程序中，可通过以下参数来设定不同进化模型。
组分频率向量：
The Dirichlet process usually has a much better mixing behavior. -cat优于-ncat。
替代速率矩阵：
位点间速率异质性:
所以用CATGTRG4模型启动mcmc链的命令参数如下：
(base) [user@server ~]＄ mpirun -np 10 pb_mpi -d brpo.ali -cat -gtr -dgam 4 run3
后验预测多样性检验 (posterior predictive diversity test)，可用于评价建树模型对观测数据（真实比对序列）的拟合程度。
(base) [user@server ~]＄ mpirun -np 10 readpb_mpi -div -x 100 10 run2
read data from file : brpo.ali
number of taxa : 10
number of sites : 599
number of states: 20
burnin: 100
every 10 points until 3819
....................................................................................................................................................................................
....................................................................................................................................................................................
............
result of diversity test in run2.div
(base) [user@server ~]＄ cat run2.div
diversity test
obs div : 2.55092
mean div: 2.55794 /- 0.044931
z-score : 0.156314
pp : 0.432796 # p值
当p值小于0.05时，根据模型模拟的数据分布于真是观测数据有显著差异，即模型不能解释真实数据(model fit test 失败)。
Lartillot N., Philippe H. A Bayesian Mixture Model for Across-Site Heterogeneities in the Amino-Acid Replacement Process. Mol Biol Evol. 2004 21(6):1095-1109. DOI:10.1093/molbev/msh112.
Lartillot N, Rodrigue N, Stubbs D, Richer J. PhyloBayes MPI: Phylogenetic Reconstruction With Infinite Mixtures of Profiles in a Parallel Environment. Syst Biol. 2013 Jul;62(4):611-5. doi:10.1093/sysbio/syt022.
